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小比叡神社は元は蓮華峰寺の鎮守で、山王大権現と称されていました。
しかし、明治の神仏分離により小比叡神社と改められ、1874年に村社となり昭和の戦後は宗教法人小比叡神社として現在に至っています。

神社の創立は不明ですが、祭祀は大己貴命（おおなむちのみこと）で白山姫命、菅原道真を合祀しています。
菅原道真は懸仏裏面の墨書により、1345年に京都北野天満宮を勧請していることが判りますが、白山姫命に関しては不明です。
大己貴命は日吉大社西本宮（大比叡）の祭祀で、また小比叡神社の紋所は二葉葵です。
これは日吉大社東本宮（小比叡）の紋所と同一であることなどより、蓮華峰寺の創立と同様に比叡山の山王権現を勧請したものと思われます。

本殿は1640年の建立で、拝殿後方の覆屋内に置かれています。
境内入口の鳥居は石造明神鳥居で、鳥居をくぐった先に茅葺の拝殿があります。